L'histoire reprend pendant l'un des reves étrange de Squall et les autres, ils voient Laguna dans un village paisible vivant aux cotés d'une belle femme et d'une fillette nommé ellone qui par la suite se revelera être au centre de cette magination.
Après cela tous le monde se reveille, les membres de la bande sont envoyer en prison et Selphie, Zell, Quistis sont mis dans la même cellule toutefois etant donné que les armes de Zell sont ses poings il n'est donc pas désarmé!Quand à Irvine ce dernier est le seul à avoir reussit à s'enfuir il retourna chez le major et reçu l'ordre d'aller recuperer officielement Linoa de la prison.
Pendant ce temps, Squall a été soigner et Seifer se prepare à le torturer pour connaitre le secret de la puissance des seeds. En même temps Zell et les autres reussissent à fuir de leur cellule en mettant ko Biggs et Weedgs (vous vous souvenez d'eux) puis reussissent à sauver Squall et à fuir avant que la prison ne repasse sous terre (car c'est une prison un peu spéciale). Une fois sortie de là ils recontrent Linoa et Irvine c'est là qu'ils se séparent en deux groupes: le premier ira à la base galbadienne, il s'infiltrera et tentra d'empecher le lancement des missiles en direction de la Bgu et la TGU (Trabia Garden University) le lieu ou vivait Selphie avant d'être transferer à la BGU, quand au deuxiéme groupe: ilrejoindra la BGU et débutera l'évacuation au cas ou me premier groupe échourait.
C'est Selphie qui dirigera le premier groupe: elle reussit à s'infiltrer et commencera le sabotage mais malheureusement les missiles seront lancer et son groupes devra fuir de la base avant l'autodestruction qu'elle a programmé. Et le deuxiéme groupe sous les ordres de Squall emprintera un train et arrivera ainsi très rapidement à la BGU mais c'est la guerre les templiers sous les ordres de norgris (le second dirigeant de la BGU) tentent d'eliminer les seeds pour appaiser Edéa alors Squall est son groupe devront intervenir et chasser les templiers et leur monstres puis ils descendront au niveau sous terrain de la BGU pour rencontrer Norgris et arreter cette bataille mais ce dernier tentera de les tuer alors ils l'affroteront et le batteront ainsi ils recuperont Leviathan une puissante G-force.
Après une courte discussion avec le directeur, ce dernier explique à Squall qu'il existe dans les sous sols de la BGU un systeme capable de les proteger des missiles et ils doivent descendre pour l'activer. C'est ainsi que grace à ce systeme la BGU devient un vaisseau volant sur les terres et un bateau sur les mers, et ainsi ils evitent de justesse les missiles ennemis. Mlheureusement, la TGU n'a pas eu cette chance et pire encore la BGU se dirige vers Balamb et risque d'entrer en colision avec ce village si on ne trouve pas le systeme de contrôle.
